《奥特曼格斗进化三完全版》是一款格斗类型游戏，与前两作相比都有全名的进步，第三部作品的完美版本，增加了新的游戏元素，充实玩家整体体验，包括多个奥特曼与怪兽供玩家战斗。
1、奥特模式（ウルトラモード/ ULTRA MODE）
初始关卡10关，达成一定条件后追加新的关卡和人物，每关与原作的情节大致相同，收录的都是各作中的经典战斗。
2、战斗模式（バドルモード/ BATTLE MODE）
选择奥特曼或怪兽连续对战5个对手。前4个对手随机，最后一个为原著剧情对手，大部分奥特曼的技能需要通过此模式获取。
3、对战模式（VSモード/ VS MODE）
分为对2P和对CPU，初始可选人物与战斗模式相同。
4、联手作战模式（タッグモード/ TAG MODE）
选择两名奥特曼同时与一个敌人进行战斗。需要两个玩家。
5、技能装备模式（カスタムモード/ CUSTOM MODE）
可对技能进行键位设定。每名角色选中后有4种必杀技装备方案，必杀技设在□△X○上，小光线、飞机和变身设定在附加键上（R1，L1，R2，L2）。
6、练习模式（プラクティスモード/ PRACTICE MODE）
选择自己喜欢的角色和场景进行对战（对CPU）练习，游戏中按下START键可对CPU的各种状态进行设定。分别是CPU的行动状态（站、蹲、跳、防、攻），眩晕槽状态（正常，全满），反击状态（开，关），回到主菜单和重新选择角色。
7、教学（チュートリアル /TUTORIAL）
佐菲教泰罗基本的战斗技巧，新手可通过此模式熟悉键位。
8、欣赏模式（ビューモード / VIEW MODE）
我们可以对游戏中出现的角色、音乐、场景等进行欣赏，玩累了可以在此模式放松一下。
9、重放模式（リプレイモード/ REPLAY MODE）
将玩家在战斗模式中的表现进行重放，并对录象资料进行删除和拷贝。
10、设置（オプション/ OPTION）
进行游戏的基本参数设定，包括难度，时间，回合数，键位，音乐，存档管理等等。
《奥特曼格斗进化3》的画面非常接近电视中看到的奥特曼，战斗的场景也非常大，并且能够被破坏，同时还有不同的特效。比如当奥特曼或者怪兽倒地时倒在了油罐上时，会发生爆炸起火。不同的场景还会影响到战斗的方式。另外游戏中不光只有2人战斗，地图上还会出现怪兽的同伙飞碟或者科学特搜队的火箭车等。
□——普通攻击，连按为连续进攻，可配合方向键使出不同招数（飞踢等），命中对手可使眩晕槽（HP下面的红槽）上涨。
△——重攻击，可配合方向键使出不同招数，命中效果比普通攻击好。
〇——超重击，释放必杀技所必须。按下后角色会使出超重攻击，命中对手后，根据对手眩晕槽值的多少，来决定自己必杀技的准备时间。此时可按相应按键来发出必杀技。
X——投技。与敌近身时按下后可使出摔投等技巧。如果按下后再按其他键便可使出不同种类的投，如过肩摔，过顶摔，龙卷式等等。
R1，L1，R2，L2是小技能，可以自己设定
一般情况下：
R1：可发出远距离牵制性光线，命中敌人可增加其不少眩晕值；
L1：召唤各战队飞机进行援护攻击（一次，增加对手的眩晕值，作用不大，雷欧的一次全满，只针对怪兽）；
R2，L2：平成系奥特曼变换。(R2为变红，蓝，还原；L2为变蓝，红，还原；如果变红，按L2还原，如果变蓝，按R2还原。只限迪加，戴拿，盖亚V2和勒修巴斯）
方向键：
上————跳，连按两下或轻点一下为顺时针移动，用来回避攻击
下————蹲，连按两下或轻点一下为逆时针移动，用来回避攻击
左————后退或防，连按两下为后手翻
右————前进或防，连按两下为跑（PS：跑中按X可使出“骑”）
START————游戏暂停或退出
提示：
一般，模拟器的“上”为"W"键，"下"为“S”键，"左"为“A”键，"右"为“D”键，“□”为“J”键，“△”为“U”键，“○”为“I”键，“X”为“K“键，“R1”为“L”键，“L1”为“N”键，“R2”和“L2”分别为“O”于“M”键，最后，“START”键为“1”(有感叹号那个)
2P“上”为"↑"键，"下"为“↓”键，"左"为“←”键，"右"为“→”键，“□”为“1”键，“△”为“4”键，“〇”为“5”键，“X”为“2“键，“R1”为“3”键，“L1”为“9”键，“R2”和“L2”分别为“6”与“8”键(2P均为小键盘)。
爱迪：奥特模式十八个任务过关评级A以上，奥特曼都通过一次战斗模式，奥特曼都一次通过十大据点
佐菲：使用初代，赛文，杰克，艾斯，泰罗按顺序通过一次战斗模式，若中途失败，接着那个奥特曼打一遍就可以，无需重来
阿斯特拉：战斗模式中雷欧使用“奥特双重闪光”击败所有敌人后出现
阿古茹：通关决战之日，再用盖亚在战斗模式击败阿古茹后出现
杰斯提斯：高斯VS杰斯提斯中，使用日蚀高斯击败杰斯提斯并通关后获得
雷杰多：在“高斯VS杰斯提斯”一关中获得评价A以上获得，但重启游戏后角色会消失，需要重新获得。PS2模拟器的即时存档可无视此设定。
贝蒙斯坦：奥特模式“怪兽标本”任务中由贝蒙斯坦击败初代后出现
哥莫拉：奥特模式“怪兽殿下”任务过关评级A或以上出现。
杰顿：奥特模式“再见奥特曼”中由佐菲击败杰顿评分A或以上后出现。
达达：奥特模式初始任务全部B级或以上通关后，同隐藏关怪兽标本一起出现。
葛洛卡主教：在双人战斗模式中使用高斯和杰斯提斯一起通关一次后出现。
雷德王：奥特模式“怪兽标本”任务中由雷德王击败初代后达达通关再击败初代出现。
双尾怪：奥特模式“两大怪兽袭击东京”任务评级B或以上出现。
巴克西姆：奥特模式“怪兽标本”任务中由巴克西姆击败初代后达达通关再击败初代出现。
邪恶迪迦：奥特模式“影之继承者”评级 B以上通关后，在战斗模式中使用迪迦随机遇到，击败后出现。
艾斯机器人：奥特模式“死刑！奥特五兄弟”任务中直接用艾斯机器人击败艾斯杀手后出现。
妄想赛文：奥特模式“激斗！爱迪对赛文”关卡评级A以上出现。
假戴拿：奥特模式“死斗！戴拿VS戴拿”评级B以上通关后，在战斗模式中使用戴拿随机遇到，击败后出现。
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